・佐藤研試薬管理データベース(2010.4.6-2024.8.30)←2024年で利用を終了しました!
松岡君がweb上で管理できる形にしてくれました。
仕様や利用法について意見があれば古川もしくは松岡君までお願いします。
試薬購入時の登録方法等はこちら
・Tsukuba-CRIS(2013.4.4-)
筑波大学の薬品・高圧ガス管理システムです。
マニュアルはこちら。
毒劇物、PRTR対応試薬、消防法の危険物についてもいずれこちらに移行予定です。
使い勝手によっては試薬も移行するかもしれません。> 大学からの指示で全学的にCRIS利用が義務になりました(2024.8.30)
・筑波大学環境安全管理室HP
薬品や廃液処理をする際に必要な知識を一人ひとりが必ず持つようにしてください。
廃液を不用意に混合すると処理ができなくなる可能性があります。
化学物質のリスクアセスメントに関する講習会(160621)資料
・古川の週間予定や連絡事項はこちら
一週間に一度は確認するようにしてください。
・古川の少し先までの予定(主にオフィス不在、出張など)はこちら
今週の予定などは上の週間予定を見てください。そちらの方が常にアップデートされています。
・RI従事者登録について (update 2023/04/05)
・分析センター機器の利用法について (update 2013/10/03)
・遺伝子組換え実験従事者登録申請書について (update 2017/04/13)
・原子力機構放射線業務従事者登録依頼書について (update 2010/08/04)
・研究に関連する特集など(取扱注意) (update 2017/06/20)
・プロトコルなど
提供お待ちしています (Wordファイルだと喜びます)
<実験ノートの取り方>
実験ノート (update 2014/06/06)
<栽培関係>
木村氏B (山本 update 2016/07/15)
Hoagland's (古川 update 2012/05/21)
ポプラポット栽培 (野田祐 update 201#/##/##)
<細胞壁関係>
AIR調製 (長谷川 update 2014/06/20)
TMS化 (長谷川 update 2014/06/20)
ペクチンメチル化度測定 (長谷川 update 2014/06/20)
フェノール硫酸法 (長谷川 update 2014/06/20)
<組織染色関係>
テクノビット7100包埋 (長谷川 update 2014/06/20)
免疫組織化学染色 (長谷川 update 2014/06/20)
花粉管伸長観察用アニリンブルー染色 (長谷川 update 2014/06/20)
リグニン染色 (野田祐 update 2015/##/##)
<有機酸定量>
クエン酸定量-酵素法 (古川 update 2012/05/30)
リンゴ酸定量-酵素法 (古川 update 2012/05/30)
<湿式硝酸分解>
エコプレ (野田祐 update 2015/03/03)
アクタック提供動画 準備編 加圧分解編 容器洗浄編
<ICP-MS@CRiED管理区域>
Agilent8800使用法 (野田祐・野田浩 update 2015/12/15)
<酵素活性測定>
PAL活性測定 (犬塚 update 201#/##/##)
<DNA抽出>
CTAB法 (長谷川 update 2014/06/20)
<RNA抽出>
QIAGEN RNeasy plant mini kit (古川 update 2012/05/30)
QIAGEN RNeasy plant mini kit (長谷川 update 2014/06/20)
<cDNA合成>
SS-II (古川 update 2012/05/30)
ReverTraAce (長谷川 update 2014/06/20)
<PCR>
ExTaq (松岡 update 201#/##/##)
GoTaq (松岡 update 2012/05/30)
<Real time PCR>
GoTaq qPCR (長谷川 update 2014/06/20)
<DNA シークエンシング>
Big Dye Terminator (長谷川 update 2014/06/20)
<in situ Hybridization>
(野田祐 update 201#/##/##)
<SDS-PAGE>
(古川 update ####/##/##)
<2D-PAGE>
一次元目アガロースゲル版 (曽我 update ####/##/##)
一次元目アクリルアミド版 (古川)
<MALDI-TOF/MS>
ABSciex (曽我 update ####/##/##)
<無細胞タンパク質合成>
Cell-free (野田祐 update 2015/##/##)
<元素イメージング用試料作製>
Micro-PIXE (野田祐 update 2015/##/##)
原子力機構Micro-PIXE関連HP
nano-SIMS (山本 update ####/##/##)
<GREI装置操作>
UNIXコマンド(京都産業大学基礎プログラミング演習I資料)
撮像手順
<餃子>
三鮮水餃子 (佐藤先生 update 2012/07/17)
白岩研焼餃子(白岩研町田くん update 2016/01/06)
・研究に”使える”サイト
こんなサイトがありますよ、というのがあれば是非教えてください。
〈 〉内は推薦者のコメント。利用の参考にしてください。
<論文検索>
Google Scholar
PubMed
Web of Science
電子ジャーナル(大学図書館)
iHOP
〈気になる遺伝子に関するpubmedの情報を集める時に役立ちます。松岡〉
植物科学分野におけるIF一覧
1)"Select Categories"から"PLANT SCIENCES"を選ぶ
2)下にスクロールして"SUBMIT"をクリック
3)"Impact Factor"順に雑誌が表示される
雑誌名確認(略称など)
<分子生物学用ツール>
NCBI
〈遺伝子配列の取得などなにからなにまで。古川〉
DDBJ
〈アライメント比較や系統樹の作成に。古川〉
JGI Genome Portal(旧Gene Indices(旧TIGR))
〈ESTを探すにはまずはここ。古川〉
SIGnAL
〈T-DNA挿入変異体などお世話になります。古川〉
かずさDNA研究所
〈ESTにパスウェイ解析に役立ちます。古川〉
ClustalW@NPS
〈DDBJでもできますがアライメントが見にくいときなどこちらもいいです。古川〉
EMBL-EBI-ClustalW2
〈DDBJが使えないときなどはこちらでもアライメント比較ができます。古川〉
STEP3で”More options...”を選び、FORMATで”PHYLIP”を選ぶと系統樹も見ることが出来ます。
結果の表示画面で”Guide Tree”を選んでください。
SOSUI
〈タンパク質の膜貫通ドメイン予測の定番です。古川〉
PLACE(公開停止中)
〈プロモーター領域のシス配列を探す時に。古川〉
PlantPromoterDB
〈プロモーター領域のシス配列を探す時に。PLACEのデータも生きてます。野田佑〉
DART
〈公開マイクロアレイデータを用いた解析を行えるツール。松岡〉
STRING 8.0
〈文献データを基にしたタンパク間の相互作用を見られます。松岡〉
ATTED-II
〈共発現する遺伝子の表示、シス因子の推定。松岡〉
植物ボディーマップ
〈シロイヌナズナ、ミヤコグサ、ダイズ、イネなどにおける器官別の遺伝子発現。松岡〉
Arabidopsis eFP Browser
〈シロイヌナズナにおける器官別、生育条件別の遺伝子発現。
ポプラやイネへのリンクもある場合あり。古川〉
Genevestigator
〈マイクロアレイデータをベースにした遺伝子発現解析サイト。要登録。三浦先生〉
〈TAIRのリンクからExternal Linkで行けます。登録不要。松岡〉
SignalP
〈アミノ酸配列からシグナル配列を見つけるときに便利です。古川〉
Pfam
〈最もよく整備されたタンパク質モチーフデータベースのひとつ。古川〉
<画像解析ツール>
ImageJ
〈旧NIHimageの流れをくむフリーの画像解析ソフト。
プラグインが豊富に開発されている。日本語解説もあり。古川〉
PETIS用マクロ(右クリック保存からpluginsフォルダにコピー)
・ver. 2007(使用法解説)
・ver. 2012
PIXE用マクロ(右クリック保存からpluginsフォルダにコピー)
・グラフ表示用JFreeChartファイル1、ファイル2
・ver. 2012
・使用方法
<シロイヌナズナ関係>
TAIR
T-DNA express
Arabidopsis thaliana EST index
北大/内藤先生の研究室
Scoop it ! / Arabidopsis
〈シロイヌナズナ関係のニュースサイト?松岡推薦〉
<イネ関係>
農業生物資源研究所
Tos17 ミュータントパネル
その他データベース
RiceGE
OryGenesDB
RiceXPro
<ミヤコグサ・ダイズ関係>
NBRP Legume Base
Miyakogusa.jp
Lotus japonicus EST index
奈良女子大/佐伯先生の研究室
Lotus Base(←2017以降はこちらをメインに)
<ポプラ関係>
Plant FIBer expression Database
<酵母関係>
Saccharomyces Genome Database
〈通称からSystemic Nameを見つけるときに。 Ex) cot1 → YOR316C〉
Open Biosystems
〈Systemic NameからKOラインの検索に〉
Funakoshi
〈KOラインの発注用(専用注文書はこちら)〉
<細胞壁関係>
Cell Wall Related Gene Families
〈シロイヌナズナ、イネ、ムギにおける細胞壁関連遺伝子の系統樹を見ることの出来るサイト。松岡〉
<英文校閲>
Textcheck
〈一般的な校閲サービス。佐藤先生〉
BIOMEDITOR
〈実験内容まで踏み込んで校閲を行う会社。佐藤先生〉
Editage
〈根研究会会員なら10%OFF教員だれかが割引クーポン持ってると思います〉
<その他>
ウィキペディア
アルク
JREC-IN
・Photos
2009
091129-04 APSORC'09@Napa Valley, USA
091219-20 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
2010
100318-21 植物生理学会年会@熊本
100420-21 根研究集会@つくば
100606-10 ICAR2010@Yokohama, Japan
100712-13 植物生理グループ合宿セミナー@大洗
100831-01 東北大学・筑波大学細胞壁研究若手ワークショップ@仙台
100909-11 植物学会年会@名古屋
101030-31 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
2011
110717-22 IPCHS9@Luxembourg, Luxembourg
111105-06 根研究集会@東京
111112-13 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
2012
120322-23 いもち病感染実験@つくば
120602 田植え体験@柏
120706 佐藤研餃子パーティ@つくば
120712-13 植物生理グループ合宿セミナー@つくば
120817-20 日本生物学オリンピック2012@つくば
120824-25 佐藤研ビアパーティ@つくば
120829-31 無細胞タンパク質合成系講習@松山
120907-08 新学術領域班会議@福島、栃木
121009 マイクロPIXE実験@高崎
121112-13 SIMS実験@札幌
121117-18 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
121125-28 PETIS実験@高崎
2013
130113 全国大学ラグビーフットボール選手権大会決勝@東京
130228-02 RRIS実験@東京
130307 佐藤研卒業生送別会@つくば
130326-27 国際生物学オリンピック特別教育@つくば
130425 マイクロPIXE実験@高崎
130426 CRiED新歓@つくば
130518 国際植物の日・筑波大学みどり散歩@つくば
130524 つくばクラフトビアフェスト@つくば
130621 マイクロPIXE実験@高崎
130628 CRiED初夏のBBQ@つくば
130706 日本アイソトープ協会エンライトニングセミナー@東京
130726 佐藤研ワインパーティ@つくば
130819-22 IPNC13@Istanbul, Turkey
130831-02 鎌田先生イワナ釣り@松前
130907 佐藤研ビアパーティ@つくば
130922‐27 APSORC13@Kanazawa, Japan
131101 林野庁除染実地調査@福島
131109-10 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
2014
140407 環境バイオマス共生学新入生歓迎会@つくば
140517 佐藤研OBOG会@つくば
140518 国際植物の日・筑波大学みどり散歩@つくば
140714 日本生物学オリンピック2014本選準備@つくば
140718 CRiED親睦BBQ@つくば
140909 国際樹木根学会@名古屋
141010 量子応用研究シンポジウム@高崎
141108-09 つくば科学フェスティバル生物ひろば@つくば
2015
150515 CRiED新入生歓迎会@つくば
150517 国際植物の日・筑波大学みどり散歩@つくば
150529 帝京大学合同餃子パーティ@つくば
150530-31 KURシンポジウム@福島
150712-16 ICOBTE2015@福岡
150822 佐藤研ビアパーティ@つくば
150924-26 新学術領域現地調査@福島
151226 白岩研佐藤研合同餃子パーティ@つくば
2016
160205 西田さん歓迎会@つくば
160218-19 研究打ち合わせ@北海道
160408 佐藤研新歓@つくば
160515 田植え体験@柏
2017
170520 国際植物の日・筑波大学みどり散歩@つくば
170801 研究打ち合わせ@宇都宮
170809 QST連携重点研究討論会@高崎
170821-24 IPNC18@Copenhagen, Denmark
2023
230102 全国大学ラグビーフットボール選手権大会準決勝@東京
・Test Page
(HP試行用:非公開)