遺伝子配列取得法
(update 2011/02/16)

自分の研究対象植物から着目する遺伝子の配列を取得する方法の一例

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例えばシロイヌナズナでサイトカイニン合成に関わることが知られている
AtIPT1 遺伝子（表記法についてはこちら）のポプラにおける相同遺伝子の配列を知りたいとき


１）TAIRのサイトを開き、右上のボックスに”AtIPT1”と入力してサーチ



２）検索結果から着目している遺伝子を探し出し、”LocusのID”をクリック
名前の重複で関係ない遺伝子がヒットすることもあるので注意
機能を確認すること



３）ページが開いたら下にスクロールして”Protein Data”の”name”をクリック
この場合、同様の機能を有しているホモログを探すので
機能分子である”タンパク質”のレベルで似ているものを探す



４）タンパク質の情報が表示されるので”Send to WU-BLAST”をクリック



５）アミノ酸配列をコピーして。。。



６）メモ帳か何かにペースト
その際FASTA形式にしておくと便利



７）NCBIのサイトに行き、右にあるBLASTをクリック
Basic BLASTから”tblastn”を選択してクリック


塩基配列を基情報に塩基配列のデータベースを検索する場合：blastn
アミノ酸配列を基情報にアミノ酸配列のデータベースを検索する場合：blastp
塩基配列を基情報にアミノ酸配列のデータベースを検索する場合：blastx
アミノ酸配列を基情報に塩基配列のデータベースを検索する場合：tblastn
塩基配列を翻訳した配列を基情報に塩基配列データベースを翻訳して検索する場合：tblastx


８）SequenceのBOXに比較の基となるアミノ酸配列
（=クエリーと言います　ここではATIPT1）をペーストし、”BLAST”をクリック



９）類似のアミノ酸配列を持つ遺伝子がヒットするので
Graphic Summaryの上にある”Taxonomy reports”をクリック


クエリーに対してデータベースの配列のどの部分が似ていたかなど
このページも様々な情報を含んでいます


１０）分類群から”Populus trichocarpa”を探し、右にある”# hits”をクリック
（下の図で指さしている所よりもう少し右でした）


もしイネで探したければここでイネ（O.sativa）を選べばOK


１１）Populus trichocarpaの中で最もスコア（=類似性）の高い配列のIDをクリック



１２）配列情報が開くので下スクロールして塩基配列やアミノ酸配列を保存しておく
この際もFASTA形式にしておくと便利



１３）相同遺伝子が複数ある場合に、どの遺伝子が最も着目している遺伝子に似ているかを示す場合は
系統樹の作成により類似性を示し、最終的にアライメントを示すとよい

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