５）GREI画像作成 E
(update 2017/04/13)
理研本村さんより頂いた撮像手順書20161221がベース
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SBP画像は、１つ１つの検出されたコンプトン散乱事象の応答として得られる円錐面の情報を、
そのまま画像空間に重ね合わせて作成された画像ですので、線源が存在しない位置にも画像強度が加算されます。
その結果、SBP画像は、真の線源分布にボケを重ね合わせたような画像になります。
DABPは、このボケの形状が画像中の位置に依らず一定であると仮定して、簡便にボケを除去します。
１．コマンド入力のTerminalをデスクトップ下部のアイコンから立ち上げます。
２．Terminal内で、GREI撮像の生データが保存されているフォルダ（例：20160310_test）に移動します。
[grei@localhost ~]$ cd /home/grei/work/GREI/20160310_test/
[grei@localhost 20160310_test]$
３．GREI撮像の生データ（例：ImagingTest01_Mod0x.dat）から、analyzerHRoffEv を使って、
SBP画像を生成します（保存ファイル名の例：ImagingTest01.root）。
[grei@localhost 20160310_test]$ analyzerHRoffEv ImagingTest01_Mod00.dat ImagingTest01_Mod01.dat ImagingTest01_Mod02.dat ImagingTest01_Mod03.dat ImagingTest01.root -1 -1 -nucl E344 -SBP 4 -42 -38 -41 -39
＊使用法：
analyzerHRoffEv DataFile_Mod[00-03].dat（半角スペース）
[SBP保存ファイル名].root（半角スペース）
[開始イベント番号] [終了イベント番号]（半角スペース）
-nucl [核種(複数可 )]（半角スペース）
-SBP[Zスライスの数]（半角スペース）
[最遠端Z座標 (mm)][最近端Z座標 (mm)][2Dスライス最遠端Z座標 (mm)][2Dスライス最近端Z座標(mm)]
４．Rootを起動し、ImagingTest01.rootファイルを開きます。
[grei@localhost 20160310_test]$ root -l
root [0] .L /usr/local/rgReiA34/lib/libGREIHistoA34.so
（←必要なライブラリのロード）
root [1] .L /usr/local/rgReiA34/lib/libGREISBPA34.so
root [2] TBrowser b（←Root object browserウィンドウが立ち上がります）
→ Root object browserの「Files」タブ内のリストで
ImagingTest01.rootをダブルクリックしてファイルをアクティブ化。
５．Z方向の指定した区間内について積分した、2次元のSBP画像を作成します。
root [3] sbp=(GREISBP*)gDirectory->Get(“GREISBP”)
root [4] sbp3d=sbp->GetSBP3d()
root [5] sbp3d->GetZaxis()->SetRangeUser(-41,-39)
root [6] sbp2d=(TH2D*)sbp3d->Project3D(“yx”)
６．作成した2次元SBP画像を、DABPで使用する .seq ファイルに変換します。
Root object browserの「Files」タブ内のリストで
ImagingTest01.rootを一度クローズし、再オープンで「E344_yx」の作成を確認。
root [7] .L root2seq.C++
root [8] root2seq(“E344_yx”,”SBP_ImagingTest_E344.seq”)
７．もう１つ別のTerminalのウィンドウをデスクトップ下部のアイコンから立ち上げ、
Terminal内で下記のようにプロンプトに続いて入力し、「DABP」フォルダが存在するフォルダに移動します。
[grei@localhost ~]$ cd /home/grei/work/
[grei@localhost work]$
８．Terminal内で下記のように入力し、DABPフォルダをまるごと別名(例：DABP_20160310_test)でコピーし、
そのコピーしたフォルダに移動します。
[grei@localhost work]$ cp -a DABP DABP_20160310_test
[grei@localhost work]$ cd DABP_20160310_test
[grei@localhost DABP_20160310_test]$
９．作成したSBP_ImagingTest_E344.seqファイルを、DABP_20160310_testフォルダにコピーします。
[grei@localhost DABP_20160310_test]$ cp /home/grei/work/GREI/20160310_test/SBP_ImagingTest_E344.seq ./
１０．SBP画像からのボケの除去（デコンボリューション）の前処理として、2次元の離散フーリエ変換を行います。
[grei@localhost DABP_20160310_test]$ Fft2d.sh SBP_ImagingTest_E344.seq 256 256
１１．上記の処理で生成されたファイル（SBP_ImagingTest_E344Fft.seq）を用いて、ボケを除去したGREI画像を作成します。
[grei@localhost DABP_20160310_test]$ DABP2d.sh SBP_ImagingTest_E344Fft.seq PSF2d514keVat34mm070912PsfFft.seq F12bw 256 256 16
１２．GREI画像を表示するため、OpenDXを立ち上げます。
[grei@localhost DABP_20160310_test]$ dx &
１３．「Data Explorer」ウィンドウで「Run Visual Program…」をクリックし、
DABP_20160310_test フォルダ内の最新のDABP2dYYYYMMDD.netファイルを選択して「OK」。
ただし、この後エラー表示が出たり、別の画像が表示されたりする場合がありますが、問題ありません。
（古川注；最新らしいものでOK←新規に作成されるわけではない）
１４．デスクトップのタスクバー、あるいは１３．で表示されたウィンドウから「Control Panel」ウィンドウを選び、
最上部のテキスト入力右側の「…」ボタンをクリックして、DABP_20160310_test フォルダにある、
１１．の処理で作成された「DABP_ImagingTest_E344_F16bwX20Norm.general」を読み込むと、
１１．で作成したGREI画像が「Image」ウィンドウに表示されます。
１５．上記１１．のボケの除去を、パラメータを変更して行い、新たに作成される .general ファイルを
１４．と同じ手続きで読み込んでGREI画像を表示し、最適なパラメータを探索します。
下記のXXを大きくすると、シャープさは増しますが、細かいノイズが目立つようになります。
YY（偶数）を大きくするとその細かいノイズが減る傾向が見られますが、
強い分布の周辺のアンダーシュート等が目立つようになります。
[grei@localhost DABP_20160310_test]$ DABP2d.sh SBP_ImagingTest_E344Fft.seq PSF2d514keVat34mm070912PsfFft.seq F[YY]bw 256 256 [XX]
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